关乎我们吃的所有食物都对我们的肠道微生物有影响，因此我们需要了解这个事情。从一系列研究中我们知道大量处于稳态的微生物种群与人体健康相关，如改善血糖耐受、更好的免疫功能或者更好控制体重等。另一方面，如果肠道微生物失调，就会导致克罗恩氏病、梭状芽孢杆菌结肠炎、甚至自身免疫疾病。
增加饮食纤维、吃大量蔬菜和水果对我们的肠道微生物有正面影响。尽管有人认为益生菌可能有巨大影响，但是研究发现益生菌影响甚微，对健康的影响还不确定。
饮食模式的变化也会带来巨大影响。只吃素食的志愿者和只吃肉食的志愿者的肠道微生物有显著差别。一个长期的素食主义者吃肉会产生最剧烈的变化。
我们的微生物确实具有一定耐受能力，志愿者的肠道微生物在一定时间后恢复到基线水平。同时，饮食变化越小，带来的影响就越小。在一项研究中，志愿者要么吃加工过的白面包，要么吃全麦面包。尽管吃全麦面包的志愿者的细菌变化具有一定健康效应，但是两个组的微生物都没有显著改变。
除了指出我们需要大变饮食模式之外，这些研究发现并没有单一的魔性事食物在。
但是一组食物已经使研究人员产生了大量的研究兴趣，那就是像酸菜、泡菜和康普茶这样的发酵食物。研究发现这些食物给肠道微生物带来的的影响超过任何益生元。人类已经食用发酵食物数千年了，这也表明我们的祖先和我们一样想增强他们的肠道微生物。
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