人体肠道内寄生着10万亿个细菌，它们能影响体重和消化能力、抵御感染和自体免疫疾病的患病风险，还能控制人体对癌症治疗药物的反应。
慢性腹泻与肠道菌群
慢性腹泻是一种症状，可由多种疾病或因素引起。慢性腹泻的诊断和复杂，除一小部分属于致病菌引起外，大部分找不到明确的病因。现在肠道菌群失调作为慢性腹泻的病因已被人们充分认识，有人曾对57例各种原因引起的慢性腹泻人进行分析，发现9例为慢性痢疾，27例为一般性结肠炎，10例为黏液性结肠炎，11例为溃疡性结肠炎。最后的结论是：72%的慢性腹泻是原籍菌（原来就生长在该部位的）异常表现，并无外来菌参加。这一实验说明大部分的慢性腹泻是由菌群失调引起的。但需要注意的是，慢性腹泻中有很小的一部分是有结肠癌引起的。
大肠癌与肠道菌群
医学家已广泛的研究大肠癌与肠道菌群的关系，现在可以肯定大肠癌的发病与肠道细菌有关。因为肠道细菌分泌的许多酶都与结肠癌的发生有关。现在的研究表明，这些酶类本身并不致癌，我们的绝大多数食物也并不致癌，但是两者在一起就会变成了致癌物。比如在南太平洋一个关岛上，当地人大肠癌发病率非常地高，科研人员对其进行研究后，发现当地人吃了一种有果实的蕨类，含有致癌物苏铁苷，使当地人都患大肠癌。但是，科研人员也又发现了一个奇怪的现象：将苏铁苷喂给普通大鼠时就发生大肠癌，喂给无菌时则不发生，并且如果不经口给药也不发生。后来进一步的研究才发现，是肠道腐败菌分泌的酶，使苏铁苷水解成具有诱变活性的甲基偶氮甲醇，从而致癌。
胆固醇与肠道菌群
动脉硬化是胆固醇在动脉血管内膜上的一种沉积的表现，它可引起一系列不良影响，如血管壁脆弱，因此，胆固醇和胆汁酸代谢与成人患动脉硬化症有密切关系。在肠道菌群中，有的细菌对胆汁酸产生有益的代谢，有的细菌产生有害代谢，现在已知双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌及屎肠球菌是有益的。很多研究证明乳酸菌存在与血浆胆固醇的减少有直接关系，双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等有益菌可使胆固醇转化为人体不吸收的粪固醇，乳酸菌可产生参与胆固醇的代谢的甲羟戊二酸单酰酶A。
骨质疏松与肠道菌群
骨质疏松症又称脆骨症。众所周知、钙质降低与雌激素自然下降的关系密切。雌激素的下降，使体内的钙平衡受到干扰，导致骨质疏松，容易骨折，而雌激素水平下降与肠道菌群失调有关。通过在体内循环的雌激素有60%从胆汁分泌到肠道，再经肠道细菌酶作用，使之重新被吸收并进入血液循环系统，然后再送人肝脏激活而重新发挥生物活性作用。在使用抗生素时发现，血中雌激素的含量比正常时明显偏低，雌激素被吸收的能力明显下降，而此时粪便中雌激素的含量比正常时高60倍左右。这种现象往往是由于使用抗生素使肠内正常菌群受到抑制，导致雌激素再吸收能力下降，引起骨质疏松症。由于有益菌（乳酸菌类）能促进人体对钙吸收的作用，因而，缺乏有益菌也不利于钙的吸收，同样是造成骨质疏松症的原因之一。
焦虑、抑郁症与肠道菌群
焦虑与抑郁症可能由多方面的病因引起。如精神压力、心理因素、变态反应、营养缺乏或不平衡等。但是，也有证明，某些氨基酸（如色氨酸和苯丙氨酸）对治疗这类疾病很有效。由于乳杆菌在发酵蛋白性物质过程中，可水解蛋白质，释放出色氨酸和苯丙氨酸等氨基酸，因而对防治焦虑和抑郁症有益。也有研究指出，肠内毒素与焦虑和抑郁症可能有相当密切的联系。一旦由于各种原因造成菌群失调时，肠内有益菌减少就会使能水解蛋白质的菌减少，从而使色氨酸、苯丙氨酸减少，病情更加重，也可能是因为菌群失调，使原由潜在致病性的有害菌增多，内毒素增加，导致焦虑与抑郁症。
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