防治腹泻病
国内外大量的临床及实验研究证实，大多数腹泻均存在着肠道菌群紊乱，益生菌增加腹泻患者肠道内有益菌的数量和活力能通过增强黏膜屏障、竞争性抑制病菌黏附、通过生物夺氧方式阻止病原菌的繁殖，抑制致病菌的生长，以恢复正常的菌群平衡，达到缓解腹泻症状的作用。
尤其值得一提的是，国产的诸多OTC的益生菌微生态制剂，菌种数量都比较低，在这点上，不少的益生菌粉剂类营养品似乎更胜一筹。
防治便秘
一般来说慢性功能性便秘患者中存在肠道菌群紊乱，而益生菌能调节肠道菌群，改善肠蠕动。益生菌在繁殖过程中产生有机酸，使肠腔pH下降，调节肠道正常蠕动，同时使肠管渗透压增高，水分的分泌增加，使粪便软化，从而缓解便秘。
注意：①益生菌解决便秘的实效比腹泻要慢，因为益生菌是从肠道微生态环境去着手改变便秘发生的机制。②益生菌的产品配方不同，如菌种不同、菌数量不同、益生元、膳食纤维的加入，与益生菌的协同效果，会造成服用后效果的差异。
治疗易激综合征
易激综合征（IBS）是一组包括腹痛、腹胀、大便性状异常，而无形态学和生化指标异常的综合征。简单来说，就是肠道没有明显病变，但非常敏感，容易对环境、食物、精神压力等因素产生异常的反应。表现得最多的就是三种情况：腹泻、便秘、腹泻便秘交叉。
其发病机制复杂，近年来认为肠道微生态失调和细菌导致肠黏膜炎症与IBS的发生密切相关；已知IBS患者存在肠道菌群失调。除了益生菌，国际上的研究机构已经开始用特殊益生元来解决IBS，效果与一些益生菌的研究结果高度相似，临床结果非常正面令人鼓舞。
治疗和预防炎症性肠病
炎症性肠病表现为肠道的非特异性炎症，包括溃疡性结肠炎、隐窝炎和克罗恩病，发病机制未明，目前认为肠道菌群的失调为始动因素，导致肠黏膜屏障功受损，进而激活T淋巴细胞产生细胞因子和炎症介质诱发肠道炎症。而微生态制剂对肠道菌丛及肠道免疫功能的作用就可能对炎性肠病的治疗产生有利影响。
治疗幽门螺杆菌感染
幽门螺杆菌（Hp）感染是慢性胃炎和消化性溃疡的主要致病因素，也和胃癌的发生密切相关。一种质子泵抑制剂联合两种抗生素的三联疗法是根除Hp的主要措施，但易产生细菌耐药性，并可出现肠道菌群失调，约有10％～35％的患者治疗失败。幽门螺杆菌与很多胃肠道疾病有关，有文献报道益生菌对Hp的生长有抑制作用。
但需要特别提出的是，益生菌目前主要的作用就是辅助提高根除率，降低副作用。
临床营养及治疗乳糖不耐受
乳糖不耐受症是小肠乳糖酶活性下降导致乳糖的吸收不充分，临床出现肠管内气体增多，腹部胀气和腹泻，量多的水样便等，常导致营养障碍。保加利亚乳杆菌、嗜热链球菌和嗜乳酸杆菌含有乳糖酶可以促进乳糖的消化和吸收，使乳糖不耐受症状减轻。
婴幼儿的乳糖不耐受较常见，并且大多数都是由腹泻引起乳糖不耐受，而乳糖不耐受反过来会造成腹泻难以短期痊愈。通过益生菌来缓解和治疗乳糖不耐受，已经得到了共识。
新生儿坏死性结肠炎
新生儿坏死性小肠结肠炎（NEC）是新生儿最常见的消化道疾病，多见于早产儿，是影响早产儿生命及生存质量的严重疾病。近年的研究证实，肠道正常菌群定植延迟可能是新生儿发生NEC的因素之一。
最权威的证据，包括世界胃肠道组织等明确提出，“来自不同益生菌制剂的随机对照研究的荟萃分析证实了益生菌添加剂在降低早产新生儿死亡和疾病方面有显著的疗效”。
婴幼儿保健
母乳喂养是婴儿获得以双歧杆菌为主导的肠道菌群、增强免疫功能和抗感染能力的最佳途径。母乳中含有一些与肠道生理菌双歧杆菌生长密切相关的生物因子，研究证实双歧杆菌的存在可以降低肠道pH值，从而有利于铁、钙和维生素D3的吸收，参与了维生素的合成、吸收，有利于婴幼儿生长发育。因此，因种种原因不能进行母乳喂养时，可以通进补充益生菌和（或）益生元来保障人工喂养儿具有与母乳喂养儿相同的肠道细菌的组成特征。
防治肝脏疾病
目前临床研究结果已证实双歧杆菌活菌制剂或口服刺激双歧杆菌选择性生长的益生元能增强慢性肝病患者肠道的抗定植能力和肝脏库普弗细胞的吞噬能力，减少活性介质的产生，降低血浆内毒素和血氨水平，改善肝脏的蛋白质代质代谢，并使肝脏解毒功能得以恢复，对肝脏疾病起到辅助治疗作用。
抗肿瘤
益生菌的抗肿瘤作用主要体现在其生成的代谢产物优化肠道菌群的组合，增强了机体免疫功能，同时抗癌益生菌能降解亚硝胺消除其致癌性，此外益生菌还可促进肠道蠕动，使有害菌和毒物排出人体。服用含有双歧杆菌、干酪乳杆菌的微生态制剂可促进机体内吞噬细胞的活力，增强机体免疫功能，降解肠内亚硝胺等致癌物质，对癌细胞也有一定的抑制作用。
预防心血管疾病
国内外大量临床试验证实，服用益生菌及其相关制品具有减少人体血清胆固醇含量、降低心血管疾病发病率的功效。益生菌通过人体摄入后，能够在肠道定植，参与消化、吸收、代谢等功能，影响糖-脂肪代谢和胆固醇-脂肪代谢，充分发挥降体脂、降胆固醇的功效。
益生菌与肥胖、糖尿病
肠道菌群在宿主代谢活动中，影响着宿主的脂肪代谢和储存，调控了宿主的能量平衡。越来越多的研究证据显示肠道菌群与肥胖的发生发展密切相关而肥胖与糖尿病密切相关。可能的机制是膳食结构改变导致肠道菌群变化，通透性增加、肠源性内毒素血症并启动炎症反应，最终导致胰岛素抵抗和体重增加肥胖。
预防和治疗过敏性疾病
过敏性疾病诸如特应性皮炎、湿疹、过敏性鼻炎和哮喘食物过敏等，其原因之一可能与年幼儿童暴露环境微生物感染机会减少有关。国内临床报道双歧杆菌、粪链球菌、枯草杆菌对婴儿湿疹有明确的疗效。
但需要明确的是，益生菌对过敏的调节，预防效果和对特异性皮炎的效果最佳，对过敏性鼻炎的改善支持数据稍少，而对过敏性哮喘则几乎没有正面证据。免疫的调节本身就异常复杂，食物过敏、空气过敏等过敏引发机制和益生菌改善机制也不尽相同，甚至有些益生菌产品本身就带有常见过敏源。
预防和治疗呼吸道感染
近年来，通过服用益生菌来提升呼吸道的免疫力，主要是通过刺激肠道B细胞分泌SIgA免疫球蛋白A，以及提升整体的黏膜免疫力的作用机制。与其他如牛初乳免疫球蛋白等所不同的是，服用益生菌是直接提升自身的免疫力，而非外部的免疫力，因此没有排他性，并且是%与人体契合。
预防口腔感染和龋齿
定植于口腔的微生物主要以细菌为主，目前已发现余种细菌，是人体最复杂的微生物集群之一。人类口腔微生物与人体始终处于动态生态平衡状态，为维护人体的健康发挥重要的作用，也与多种口腔疾病的发生发展有密切关系。
预防和治疗女性阴道炎
乳杆菌是阴道正常菌群最重要、数量最多的常居菌，占阴道内常居菌的95％以上，它通过酵解阴道黏膜上皮细胞糖原产生乳酸进而维持阴道内酸性环境，抑制有害菌的过度生长，有利于阴道的自净作用，从而预防和治疗细菌性阴道炎，是维持阴道内菌群平衡的主要细菌。
预防术后感染
细菌特别是内源性细菌在手术后感染的发病机制中发挥着重要作用。腹部大手术后的患者给予含活乳酸杆菌和纤维素的肠内营养术后感染明显降低，术后应用抗生素的天数减少；研究认为益生菌可能是通过调整肠道黏膜免疫反应包括降低炎性因子的表达，减少炎性细胞的浸润，增强黏膜屏障功能等而起作用的。
重症急性胰腺炎
重症急性胰腺炎发病急骤，累及脏器多，并发症多死亡率高，保持肠屏障的完整性，有效地阻止细菌易化，降低全身炎症反应综合征和继发多器官系统功能障碍对预后十分重要。但就其安全性目前有争议。
需要特别强调的是，重症急性胰腺炎本身就是免疫力低下，肠道黏膜屏蔽能力不足，容易造成细菌移位甚至是菌血症。因此，在免疫力低下的特殊重症人群，在使用益生菌时，需要十分小心谨慎，需要咨询专业医生，不可随意服用。
增强疫苗接种反应
婴幼儿应用益生菌较为普遍，有关益生菌调节免疫对疫苗接种的影响已受到头部白癜风怎么办白癜风哪家医院最好
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