炎症性肠病中的微生物组：从发病机理到治疗
Themicrobiomeininflammatoryboweldiseases:frompathogenesistotherapy作者：刘胜，赵文婧，牟相宇，兰平
通讯作者：牟相宇，兰平
医院
翻译：刘胜
校对：沈志勋
摘要
21世纪以来，炎症性肠病（IBD）的全球发病率不断上升，已成为一种全球性疾病，但其确切病因尚不清楚。在过去的十年里，IBD一直被报道和肠道菌群失调有关。尽管许多与IBD相关的生态失调尚未被证明是IBD的原因或结果，但通常的假设是，至少微生物组的某些改变是保护性的或致病性的。在这篇文章中，我们选择性地概述了人体中的关联研究和生物模型中的发病机制研究均支持的假说。特别地，我们综述了对IBD起潜在起保护作用和致病作用的细菌物种和功能通路。同时，我们讨论了某些真菌组和病毒组成员在IBD中的潜在作用。最后，我们介绍了靶向微生物的治疗方法的最新进展，这是缓解和治疗IBD的一个有前景的策略。
介绍
21世纪以来，包括溃疡性结肠炎（UC）和克罗恩病（CD）在内的炎症性肠病（IBD）已成为一种全球性疾病，发病率不断上升（Ngetal.,）。IBD以遗传易感性、环境和微生物因素驱动的慢性免疫介导的肠道炎症为特征（Nietal.,;Imhannetal.,）。
微生物因素在过去已经被证明是IBD发病不可或缺的因素（Alhagamhmadetal.,），并且高通量测序的进步使我们能够阐明IBD的肠道微生物组。IBD的微生物病原学研究主要集中在三个方向：1）持续病原体理论；2）过量细菌易位理论；3）生态失调理论（DeHertoghetal.,;KalischukandBuret,）。持续病原体理论假设IBD是由肠道病原体，如鸟分枝杆菌副结核亚种、艰难梭菌（Clostridiumdifficile）和黏附侵袭性大肠杆菌（AIEC）的持续感染引起的；过量细菌易位理论认为，肠道细菌穿越肠道屏障而导致的的过量细菌易位是IBD的原因之一；生态失调理论假设“有益的”和“有害的”共生菌之间的平衡被破坏可能导致IBD。
这三种理论并不相互排斥。例如，AIEC既可被认为是一种持续存在的病原体，也可被认为是一种有害的共生菌。前两种理论在其他地方得到了全面的概述（DeHertoghetal.,;KalischukandBuret,）。在这篇综述中，我们总结了一些新出现的证据，这些证据表明了生态失调在IBD发病机制中的作用，并提示靶向肠道微生物可作为缓解IBD的潜在治疗方案。
微生态失调在IBD发病机制中的潜在作用
IBD的特点是攻击肠道的免疫介导的慢性肠道炎症。IBD一直被证明与肠道生态失调有关（Kosticetal.,;LynchandPedersen,）。尽管许多与IBD相关的生态失调尚未被证明是IBD的原因或结果，但通常的假设是，至少微生物组的某些改变是保护性的或致病性的。
宏基因组研究显示，IBD患者的微生物组成发生了变化（Franzosaetal.,;Lloyd-Priceetal.,）；并且，代谢组学研究显示，与对照组相比，IBD患者体内许多明确的微生物代谢物相对缺乏（Franzosaetal.,）。一些IBD患者缺乏的代谢物和相关微生物物种被发现具有抗炎作用，因此被假定为具有保护作用；另一方面，促炎的细菌代谢物和在IBD患者中富集的微生物物种被假定是IBD发病的原因。
在本综述中，我们主要
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